หนึ่งเดือนต่อมา เจ้าชายอาริบัคก็จัดประชุมคูรุลไตที่คา ราโครัมตั้งตนเป็นจอมข่าน ซึ่งได้กลายเป็นจุดเริ่มของสงคามกลางเมืองระหว่างสองฝ่าย
ฮูลากูที่ยกทัพมาจากอาณาจักรอิลข่านได้สนับสนุนเจ้าชายกุบไลเป็นจอมข่าน เนื่องด้วยสนิทสนมกันมาก่อน ขณะที่ข่านอัลกู ผู้นำอาณาจักรข่านชากาไต สนับสนุนเจ้าชายอาริบัค เช่นเดียวกับ ข่านเบอร์เกแห่งโกลเดนท์ ฮอร์ดที่มีเรื่องบาดหมางกับฮูลากู ก็ให้การสนับสนุนเจ้าชายอาริบัค ด้วย
ส่วนสถานการณ์ทางตะวันตกนั้น หลังจากฮูลากูนำทัพกลับมองโกเลียแล้ว ก็เกิดความขัดแย้งขึ้นระหว่างพวกมองโกลกับพวกครูเสด โดยเหตุการณ์ลุกลามจนนำไปสู่การปะทะกัน ทำให้หลานชายของคิตบูกาถูกสังหารพันธมิตรระหว่างสองฝ่ายจึงสิ้นสุด
เมื่อสุลต่านกูตุซทราบเรื่อง ก็นำทัพออกจากอียิปต์เพื่อบุกโจมตีพวกมองโกลในซีเรีย โดยพวกครูเสดไม่ได้มาขัดขวางแต่อย่างใด ทั้งยังให้ทัพมัมลุคผ่านเขตแดนของพวกตนอีกด้วย
คิตบูกานำทัพไปรับศึกที่อัยญาลูตจ์แต่ถูกทัพมัมลุคซุ่มโจมตีจนพ่ายแพ้ยับเยินใน เดือนกันยายน ค.ศ.1260
คิตบูกาพร้อมทหารมองโกลจำนวนมากถูกสังหาร
เมื่อฮูลากู ที่เวลานั้น อยู่ในมองโกเลีย ได้ทราบข่าวร้ายที่อัยญาลูตจ์ ก็โกรธมากและเตรียมการ ยกทัพกลับไปจัดการกับพวกมัมลุคเพื่อล้างแค้นให้กับความพ่ายแพ้ที่อัยญาลูตจ์ และในระหว่างที่ฮูลากูกำลังเตรียมกองทัพเพื่อยกกลับไปทำศึกกับมัมลุคนั้น สงครามกลางเมืองระหว่างกุบไลข่านกับอาริบัคก็เริ่มขึ้น
ปี ค.ศ.1261 สองฝ่ายได้เปิดศึกรอบแรกที่ชีมุลไต(อยู่ใกล้กับพรมแดนจีนและมองโกเลียในปัจจุบัน)กองทัพของกุบไลข่านตีกองทัพอาริบัคที่ยกมาจากคาราโครัมจนแตกพ่ายและต้องถอยกลับไปยังที่มั่นในมองโกเลีย
กองทัพของกุบไลข่านได้ไล่ติดตามทัพของอาริบัคแต่ถูกอีกฝ่ายดักซุ่มโจมตี แถบภูเขาคินกานในมองโกเลียตะวันออก แต่เนื่องจากกองทหารที่ถูกโจมตี เป็นเพียงกองหน้า ไม่ใช่ทัพหลวงที่กุบไลข่านควบคุมเอง จึงไม่สร้างความเสียหายให้กับกำลังพลส่วนใหญ่
ในปีต่อมาคือ ค.ศ.1262 ความขัดแย้งระหว่างฮูลากูกับเบอร์เกก็มาถึงจุดแตกหัก โดยเริ่มจากการที่ฮูลากพยา
ยามกดดันให้เบอร์เก เลิกการขายทาสชาวคิปชัคให้กับมัมลุค ตามมาด้วยการเสียชีวิตอย่างเป็นปริศนาของเจ้าชายในราชตระกูลโจชิ สามองค์ที่รับราชการในกองทัพของฮูลากู ซึ่งเมื่อรวมกับเรื่องที่ฮูลากูปล้นทำลายกุรงแบกแดดและกรณีพิพาทอาเซอร์ไบจานแล้ว จึงทำให้เบอร์เกตัดสินใจเปิดศึกกับอีกฝ่าย โดยขณะที่ฮูลากูนำทัพกลับอิลข่านในเปอร์เซียและทำสงครามกับพวกมัมลุค เบอร์เกก็ยกทัพโจมตีภาคเหนือของอิลข่าน พร้อมทั้งทำสัญญาเป็นพันธมิตรกับสุลต่านแห่งมัมลุค
การโจมตีของโกลเดนท์ฮอร์ดทำให้ฮูลากูจำต้องยุติศึกกับพวกมัมลุคและหันมารับมือกับเบอร์เก สองฝ่ายเปิดศึกกันแถบเทือกเขาคอเคซัส การรบดำเนินไปอย่างดุเดือด โดยไม่มีฝ่ายใดได้ชัยชนะอย่างเด็ดขาด
เมื่อทราบว่า พันธมิตรของตนกำลังรบกับอีกฝ่าย กุบไลข่านจึงส่งเจ้าชายอาบาคา โอรสของฮูลากู คุมกองทัพไปโจมตีโกลเดนท์ฮอร์ด ขณะที่ฝ่ายอาริบัคก็ได้ส่งเจ้าชายโนกายคุมทัพไปโจมตีอิลข่าน ทว่าทั้งกองทัพของโนกายและอาบาคาต่างก็พ่ายแพ้และต้องถอยทัพกลับอย่างสะบักสะบอม