สงครามระหว่างโกลเดนท์ฮอร์ดกับอิลข่าน ทำให้เบอร์เกและฮูลากูไม่อาจมาแทรกแซงสงครามกลางเมืองระหว่างกุบไลข่านกับอาริบัคได้
แม้จะไม่มีพันธมิตรมาช่วยรบ แต่ฝ่ายกุบไลข่านที่ครอบครองพื้นที่อันอุดมสมบูรณ์ในจีนตอนเหนือ ก็ได้เปรียบทั้งในเรื่องเสบียงอาหารและกำลังพล ขณะที่อาริบัคซึ่งมีที่มั่นในทุ่งหญ้ากึ่งทะเลทรายของมองโกลเสียเปรียบในเรื่องนี้
ไม่นานกองทัพของกุบไลข่านก็สามารถยึดพื้นที่ในเขตมองโกเลียได้เกือบหมดและบีบให้อาริบัคเริ่มจนมุม จึงไปขอความช่วยเหลือจากพันธมิตรคืออัลกูข่าน ผู้ครองอาณาจักรข่านชากาไต ทว่าอัลกูข่านกลับฆ่าทูตของอาริบัคและปฏิเสธที่จะให้ความช่วยเหลือ
แต่ขณะที่อาริบัคกำลังเข้าตาจน ก็ได้เกิดกบฏขึ้นในจีน ทำให้กุบไลข่านต้องถอยทัพออกจากมองโกเลีย เพื่อกลับไปปราบกบฏ อาริบัคจึงรอดจากหายนะไปได้
ด้วยความแค้นที่ถูกหักหลังและต้องการที่มั่นใหม่เพื่อสู้กับกุบไลข่าน อาริบัคจึงนำกองทัพบุกอาณาจักรข่านชากาไต เปิดศึกกับอัลกูข่าน
ในช่วงแรก ทัพของอาริบัคสามารถขับไล่ฝ่ายอัลกูข่านจนต้องถอยทัพไปตั้งมั่นอยู่แถบโอเอซีสใกล้ชายแดนแม้จะชนะอัลกูข่าน แต่อาริบัคก็เสียกำลังทหารไปมาก ขณะที่พรรคพวกของพระองค์ก็พากันไปสวามิภักดิ์ต่อกุบไลข่าน จึงทำให้ทัพของอาริบัคอ่อนแอลง
ต่อมา อัลกูข่านที่ไปสวามิภักดิ์ต่อกุบไลข่าน ได้นำทัพพร้อมกำลังเสริมจากกุบไลข่าน กลับมาชิงดินแดนคืนโดยบดขยีี้ทัพของอาริบัคยับเยินและขับไล่ออกไปจากอาณาจักร
และแล้ว ในเดือนสิงหาคม ปี ค.ศ.1264 เจ้าชายอาริบัคที่ยามนี้มีกำลังคนเพียงหยิบมือ และไม่มีพันธมิตรหลงเหลืออีกแล้ว ก็เดินทางไปเมืองซ่างตูเพียงลำพังและยอมจำนนต่อกุบไลข่าน
ในที่สุด หลังจากสงครามกลางเมืองได้ดำเนินมาถึงสี่ปี กุบไลข่านก็เอาชนะอาริบัคได้ในปี ค.ศ.1264 เหล่าเชื้อพระวงศ์และขุนศึกที่สนับสนุนอาริบัคถูกประหาร ส่วนอาริบัคนั้น กุบไลข่านทรงให้คุมขังไว้ในคุก และให้จัดประชุมคูรุลไตเพื่อพิจารณาโทษ โดยให้คนถือสาส์นไปแจ้งฮูลากูและเบอร์เกให้มาเข้าร่วมประชุม ทว่าทั้งสอง
ไม่อาจมาได้เนื่องจากยังทำสงครามกันอยู่ การประชุมคูรุลไตจึงถูกยกเลิก
ต้นปี ค.ศ.1265 กุบไลข่านได้ส่งทหารม้าชาวมองโกลสามหมื่นนายไปช่วยฮูลากูทำศึกและยุติวิกฤตการณ์ ในภาคตะวันตกของจักรวรรดิ แต่ไม่นาน ข่านฮูลากูก็ล้มป่วยและสิ้นพระชนม์ในวันที่8 กุมภาพันธ์ ค.ศ.1265
สองสามเดือน หลังจากฮูลากูสิ้นพระชนม์ อัลกูข่าน ผู้ครองอาณาจักรข่านชากาไต ที่หันมาสวามิภักดิ์กุบไลข่านก็สิ้นพระชนม์ที่อัลมาลิคในเอเชียกลาง
การสิ้นพระชนม์ของข่านทั้งสองทำให้เกิดสูญญากาศ อำนาจและส่งผลให้อำนาจในการควบคุมภาคตะวันตกของกุบไลข่านอ่อนแอลง
สงครามระหว่างโกลเดนท์ฮอร์ดกับอิลข่านยังคงดำเนินต่อไป จนถึงปี ค.ศ.1266 ขณะที่ข่านเบอร์เกกำลังข้ามแม่น้ำคูรา ในอาเซอร์ไบจาน เพื่อไปโจมตีข่านอาบาคาโอรสของฮูลากูและผู้นำคนใหม่ของอิลข่าน พระองค์ก็สิ้นพระชนม์กะทันหัน ทำให้สงครามระหว่างโกลเดนท์ ฮอร์ดกับอิลข่านสิ้นสุดลงและในปีเดียวกันนั้นเอง เจ้าชายอาริบัคที่อยู่ในคุกก็สิ้นพระชนม์อย่างกะทันหัน(นักประวัติศาสตร์เชื่อว่า พระองค์ถูกวางยาพิษโดยบัญชาของกุบไลข่าน)
กุบไลข่านทรงแต่งตั้งเมนกูตีมูร์ หลานปู่ของบาตูข่านเป็นข่านพระองค์ใหม่ของโกลเดนท์ฮอร์ด และแต่งตั้งบาแรค เหลนของชากาไตเป็นผู้ปกครองอาณาจักรข่านชากาไต
แม้กุบไลข่านจะสามารถครองตำแหน่งคากานและเข้าควบคุมจักรวรรดิทั้งหมด แต่ความแตกแยกอันเกิดจากสงครามกลางเมืองที่เพิ่งสิ้นสุด ก็แทรกซึมในจักรวรรดิมองโกลและรอเวลาที่จะทำให้จักรวรรดิแตกเป็นเสี่ยงๆ
อย่างไรก็ตาม การสิ้นสุดของสงครามกลางเมือง ก็ทำ ให้กุบไลข่านสามารถสานต่องานใหญ่ที่สืบเนื่องมาแต่
ยุคจอมข่านโอกาได นั่นคือ การพิชิตอาณาจักรซ่งใต้
ในปี ค.ศ.1265 หนึ่งปีหลังการยอมแพ้ของอาริบัค กุบไลข่ายได้เริ่มทำศึกกับซ่งใต้อีกครั้ง โดยเป้าหมายแรกคือ ป้อมเตี้ยวอวี้เฉิง
