การรักษาโรคนี้แพทย์มีเป้าหมายเพื่อระบายหนองออกและหยุดอาการอักเสบซ้ำซ้อน นอกจากนี้แพทย์ยังต้องคำนึงความเสียหายของหูรูดด้วยเนื่องจากมีความสำคัญอย่างมากในการกลั้นอุจจาระนั่นเอง โดยวิธีการรักษามีอยู่หลายแบบ โดยต้องปรึกษาและรับคำแนะนำจากแพทย์ตามความเหมาะสม โดยการผ่าตัดแบ่งได้เป็น 2 ระยะ ได้แก่
การรักษาฝีหนองระยะก่อนเป็นฝีคัณฑสูตร ใช้รักษาในระยะเฉียบพลัน วัตถุประสงค์เพื่อระบายหนองลดการติดเชื้อและอาการปวด
การผ่าตัดรักษาฝีคัณฑสูตรเรื้อรัง วัตถุประสงค์เพื่อลดอาการอักเสบซ้ำซ้อน ใช้รักษาฝีคัณฑสูตรที่มีการติดต่อระหว่างเยื่อบุทวารหนักกับผิวหนัง วิธีการผ่าตัดและขั้นตอนขึ้นอยู่กับชนิดของฝีปกติจะไม่เย็บปิดแผลผ่าตัด ภาวะแทรกซ้อนที่พบได้หลังผ่าตัดเช่นมีเลือดออก น้ำเหลืองซึม การกลั้นอุจจาระและการผายลมไม่สมบูรณ์ (ขึ้นกับชนิดและความลึกของฝี) และมีโอกาสกลับไปเป็นอีกได้